Первым клубом Кержакова был "Светогорец". Как нападающий Саша многому научился в "Светогорце" у Владимира Казаченка, ведь тот был высококлассным форвардом, выступавшим за сборную СССР. Уже тогда Кержаков показывал не по годам зрелую игру. Хорошие видение поля и дриблинг, а, главное, голевое чутье приятно удивляли тренеров и специалистов. Вселяло оптимизм и то обстоятельство, что мальчик серьезно относился к тренировкам, добросовестно выполнял задание тренеров.

В 2001 году Александр попал в лучший питерский клуб - "Зенит". Свой первый гол в премьер-лиге забил не сразу, но зато очень принципиальному сопернику - московскому "Спартаку". Сезон 2002 форвард провел неровно - в первом круге чемпионата отметился 13 раз, а во втором всего один, дав тем самым возможность обойти себя в споре бомбардиров. В 2003 году "Зенит" возглавил чешский специалист Властимил Петржела. Инностраный тренер сразу дал понять, что за старые заслуги никто не будет играть в основе. Кержаков оказался на скамейке запасных. И не известно как бы сложилась его дальнейшая судьба, если бы форвард опустил тогда руки. Но Александр не из таких людей. Он продолжал тренироваться и доказывать свою состоятельность. И в итоге во втором круге чемпионата стал играть в основе и не просто играть, а еще и делать результат - его 14 мячей помогли "Зениту" завоевать серебро.

Сезон 2004 наверное стал лучшим в карьере футболиста. Клуб из Питера пробился в весеннюю стадию Кубка УЕФА и конечно нельзя было переоценить в этом событии вклад Александра. Он забивал стабильно и завершил чемпионат лучшим бомбардиром. Вот только "Зенит" опять не завоевал золота. Следующий год стал последним для пана Петржелы. Команда с берегов Невы опять не стала чемпионом, хотя наш герой снова был не удержим и отличился 19 раз. В Кубке УЕФА "Зенит" оступился на "Севилье". В обоих матчах Кержаков был хорош и его игра не осталась не замеченной для руководства испанского клуба.

В Питер приехал голландский специалист Дик Адвокаат. Как и при пане, Кержакову сразу дали понять, что ему место в основе не гарантировано и его нужно отрабатывать. Поползли слухи о том, что футболист на тренировках отбывал номер и именно поэтому редко попадал в состав. При этом стоит заметить, что когда выходил на поле, то забивал исправно и 6 мячей в 23 неполностью проведенных матчах тому подтверждение. Но сам Кержаков уже душой был в другом клубе. И этот клуб назывался "Севилья".